Pendidikan tahap dua di Malaysia dilaksanakan di dalam Sekolah Menengah Kebangsaan (setara SMP+SMA di Indonesia) selama lima tahun. Sekolah Menengah Kebangsaan menggunakan bahasa Malaysia sebagai bahasa pengantar. Khusus mata pelajaran Matematika dan Sains juga bahasa non-Melayu, ini berlaku mulai tahun 2003, dan sebelum itu semua pelajaran non-bahasa diajarkan di dalam bahasa Malaysia. Di akhir Form Three, yaitu kelas tiga, siswa-siswi diuji di dalam Penilaian Menengah Rendah, PMR. Di kelas lima pendidikan tahap dua (Form Five), siswa-siswi mengikuti ujian Ijazah Pendidikan Malaysia (Sijil Pelajaran Malaysia, SPM), yang setara dengan bekas British Ordinary pada tahapan 'O'. Sekolah tertua di Malaysia adalah Penang Free School, juga sekolah tertua di Asia Tenggara.