Mientras caminaba, Link pensaba en qué monstruo rondaría en ese templo. Creyó que se había equivocado al afirmar que Ganondorf había sido el responsable, pero a la vez no, porque él pudo poner ese monstruo ahí. Y si Ruto no era muy prudente, el monstruo podría atacarla. Por fin llegó a una pared y vio que el camino se alzaba arriba, en la superficie. Se quitó las Botas de Plomo y subió a la pared. Caminó un poco y llegó a una cueva con una torre muy grande al centro. Al parecer había más pisos abajo, pero estaban bajo el agua.
Link eliminó a un Tektite que estaba por ahí y se sujetó a una diana parecida a la de la entrada del templo, que estaba en un lado de la torre. Ésta tenía repisas en dos pisos, en el que estaba Link y uno debajo de él. Después le dio curiosidad por ir abajo y ver qué había. Se puso las Botas y se hundió hasta el fondo. Había arena y en una parte vio que el piso se hundía más y que había unas piedras llamadas Erizos Metálicos que sacaban púas y de vez en cuando las metían. Link quiso sacar la espada para matarlos, pero no pudo, de modo que sacó el Gancho y con él los mató.
Después de eso, se dio cuenta de que la cueva era cuadrada. En un lado había un pasillo que al principio tenía luces fosforescentes, lo cual llamó la atención de Link. Vio que encima de la entrada tenía el dibujo de un recipiente con un líquido verde hasta cierto nivel, pero muy bajo. Entró por el pasillo que giraba a la derecha y después a la izquierda. Llegó a una sala cuadrada pequeña y ahí la encontró.
Ruto estaba mucho más grande que la última vez que la había visto. Ya se veía como toda una zora y claramente parecía una princesa. Tenía cierta cara de enojo, aunque mezclada con alegría y sorpresa. En cuanto vio a Link dijo:
—Oh... ¡¿Eres... Link?! Lo eres ¿no? ¡Soy Ruto, tu prometida! ¡La princesa de los zora! ¡No he olvidado los votos que hicimos hace siete años! —Link se quedó boquiabierto ante eso. Eran niños, no creía que Ruto se lo tomaría en serio, aunque ahora que ya eran adultos, parecía todo lo contrario —Eres terrible... ¿Por qué me has hecho esperarte siete largos años?... Pero ahora no es momento para hablar de nuestro amor... Seguro que ya lo has visto. ¡La Región de los Zora está totalmente congelada! Un joven llamado Sheik me sacó de debajo del hielo... Pero mi padre y los demás siguen ahí... No pudieron... —Esto último lo dijo como cortado y prosiguió —¡Quiero salvarlos! ¡Quiero salvar la Región de los Zora! ¡Ayúdame! ¡Te lo pido! ¡Soy tu futura esposa! ¡Prométeme que ayudarás a derrotar al monstruo del templo, Link!
"En el Templo del Agua hay tres lugares donde se puede cambiar el nivel del agua. Conozco el camino. ¡Rápido, sígueme!
Y Ruto empezó a nadar hacia arriba. Link no sabía a dónde iba, pero la siguió. Vio una plataforma antes de llegar a la superficie, pero como ahí no estaba Ruto decidió ir más arriba. Llegó a una sala cuadrada, pero no estaba Ruto. Al fondo había una puerta y en una pared el símbolo de la Trifuerza con el dibujo del recipiente.
Link decidió acceder a la puerta para ver si Ruto estaba ahí, pero no fue así y la puerta se cerró con barrotes. La habitación estaba cerrada y había más Erizos Metálicos, los cuales Link eliminó en cuanto éstos se convirtieron en rocas. Al hacerlo, los barrotes se quitaron y apareció un cofre en el centro de la sala. Dentro tenía el mapa del Templo del Agua.
Link se preocupó por Ruto. ¿Qué le habría pasado? Quizá estaba en la plataforma a la que no quiso llegar. Sí, eso debía hacer, de modo que se dirigió hacia allá. Cuando salió, vio de nuevo el símbolo de la Trifuerza y, aunque estaba preocupado por Ruto, decidió quedarse un momento y tocar la Nana de Zelda. En cuanto lo hizo, el nivel del agua bajó y Link entendió el dibujo del recipiente. Significaba que ése lugar hacía que el agua bajara lo más que podía, que al parecer era todo.
Pero pronto se arrepintió de haberlo hecho, porque entonces ya no podría llegar a la plataforma de antes, aunque pensó que probablemente Ruto se haya ido sin decirle o quién sabe, de todos modos, en Hyrule siempre pasaban cosas extrañas. También se arrepintió porque sin el agua significaba que tendría que saltar, según el mapa, dos pisos más abajo, pero entonces se acordó del pilar en la habitación del Templo del Fuego y no se preocupó.
Bajó a la habitación donde había visto a Ruto y se percató de que no había visto la antorcha encendida del centro y dos antorchas a los lados de una puerta con barrotes. Claramente la antorcha no podía estar encendida bajo el agua, aunque, como ya sabía, en Hyrule pasaban muchas cosas raras.
Supuso que si todas las antorchas estuvieran encendidas, la puerta se abriría, así que las encendió del mismo método que hizo en el Templo del Bosque, con flechas. Cuando lo hizo efectivamente la puerta se abrió y entró por ella. Adentro estaban tres ostras llamadas Moluscuchillas que, en cuanto Link se acercó, éstas se abrieron mostrando un músculo atado a las dos partes de la ostra, y después se dieron la vuelta mostrando unos picos y atacaron a Link saltando hacia él, pero éste las esquivó.
Navi le dijo que su punto débil era el músculo, de modo que Link se volvió a acercar, pero ésta vez las atacó con la Espada en cuanto se abrieron y les dio un espadazo; al instante se deshicieron. Nuevamente apareció un cofre, pero con una Llave Pequeña. Como ya no había nada salió de la sala, y como no podía llegar a la plataforma de antes, decidió salir a la cueva con la torre al centro.
Como antes no tenía el mapa, no sabía qué camino tomar, pero ahora con él se dio cuenta de que entró por el lado este de la habitación. Ahora tampoco sabía qué camino elegir, así que decidió seguir sus instintos y se fue por el oeste. Allí había un bloque en el suelo y otro tapando una entrada. Quiso jalarlo, pero no pudo, de modo que intentó a empujarlo hasta el fondo. El bloque cayó en un agujero con agua, por el cual Link también se lanzó, para lo cual necesitó las Botas.
El agujero seguía por la derecha con un pasillo y al final el agua volvía a ascender. Link se quitó las Botas y nadó hasta arriba. Subió la plataforma que se alzaba enfrente y llegó a una habitación con un hueco grande en el centro. Al otro lado había una puerta y un Tektite que Link decidió matar con flechas. Después se fijó en el hueco y vio que abajo había un agujero por el cual salía un chorro de agua pero hasta cierto punto. A un lado de donde estaba Link había un diamante igual a los que había en el Templo del Fuego. Como no quería sacar una Bomba, decidió darle un espadazo.
Inmediatamente el chorro ascendió hasta la altura de donde estaba Link y éste vio que el chorro creaba como una especie de plataforma. Saltó hacia él y vio que lo empujaba hasta arriba, de modo que lo usó para cruzar al otro lado. Abrió la puerta que estaba ahí y llegó a una habitación cuadrada con agua hasta el nivel de los pies de Link y con varios huecos en las paredes a distintos niveles, aunque ninguno en el sur.
Link se encontraba en el hueco del este y vio que en el fondo del agua se alzaba una estatua con forma de cabeza de dragón. Decidió bajar a inspeccionar y vio que el agua creaba remolinos, haciendo que Link se mareara, pero éste se puso las Botas y se sumergió al fondo. Entre la boca del dragón había un diamante que Link decidió accionar con el Gancho, pues bajo el agua no podía usar las Bombas ni la Espada.
En cuanto lo hizo, una reja que estaba en el hueco del oeste se abrió y Link tuvo que quitarse las Botas y nadar muy rápido para que el remolino no lo quitara de su rumbo. Antes del llegar al pasillo, Link vio dos Moluscuchillas. Se volvió a poner las botas y las eliminó con el Gancho. Después vio que la reja se estaba volviendo a cerrar, de modo que se metió rápido. El camino seguía hacia la superficie, así que se quitó de nuevo las Botas y nadó hasta arriba. Ahí había un cofre y otro diamante solos. Link abrió el primero y obtuvo otra Llave Pequeña, después golpeó el diamante con la Espada y la reja de antes se volvió a abrir.
Sin perder tiempo, se sumergió y regresó a donde estaba la estatua de cabeza de dragón. Volvió al hueco por donde había entrado y desde ahí vio que el hueco del norte estaba muy arriba y se veía imposible de llegar, de modo que decidió salir a la sala del chorro de agua. Ahí vio que al otro lado (donde estaba el diamante) había una diana en el borde, así que se agarró de ella con el Gancho. De ahí se sumergió en el agua del pasillo y tuvo que usar el Gancho en otra rejilla para subir y llegar a la cueva principal.
Una vez ahí se preguntó por qué no se había metido a la torre del centro y decidió hacerlo. En el lado sur estaba la única puerta con cerradura sobre una plataforma, en la cual usó una Llave Pequeña. Entró y vio que a los lados había pinchos y agua. Él estaba sobre una plataforma como la anterior (la que estaba en la puerta) y dos pedazos de suelo enfrente de él formando una hilera. Link miró hacia arriba y había más plataformas.
La más cercana estaba justo arriba de él a la izquierda, de modo que Link caminó en la hilera para ponerse frente a ella y vio que tenía una diana en el borde. Usó el Gancho y trepó a la plataforma. Ahí vio que había un dibujo de un recipiente con líquido rojo hasta la mitad y a su lado el símbolo de la Trifuerza. Ya sabía lo que pasaría, de modo que tocó la Nana de Zelda y el agua subió hasta ese nivel. Link vio que la plataforma junto a la puerta subía, como si fuese un flotador y debajo de ella había un pasadizo. Había más plataformas en la torre, pero le llamó más la atención ir por ese pasadizo, por lo cual se puso las Botas.
Llegó a un pasillo que seguía hacia el sur y después daba vuelta al este. Accedió a una habitación con un techo muy bajo, con dos rejillas en las orillas de éste y un diamante debajo de una. Link accionó el diamante con el Gancho y la rejilla que estaba encima de éste se abrió dejando caer varios Erizos Metálicos y Moluscuchillas. Acto seguido, Link eliminó a todos y cuando lo hizo la segunda rejilla se abrió. Se fue por ella y vio que accedía a un cuarto pequeño con un cofre que contenía una Llave Pequeña.
Como parecía que ya no había nada por ahí, regresó a la torre y subió hasta donde estaba el nivel del agua. Dado que a las plataformas más altas no podía llegar, decidió ir por la del norte que tenía una puerta. Al salir ésta se cerró con barrotes, pero probablemente era por una antorcha apagada que estaba a su lado. Enfrente de la puerta no había nada, de modo que siguió al este. Ahí, pegado a la pared de la cueva estaba otra diana y enfrente dos jarrones. Se enganchó al jarrón y continuó por el pasillo que le seguía.
Este pasillo curveaba primero a la izquierda y luego a la derecha. Al final del techo del pasillo salían unos picos y enfrente de éstos había otros, pero en el suelo, y arriba de éstos había una plataforma, pero Link no podía llegar a ella sin tocar los picos. Sin embargo, pegado a la pared de la plataforma había una diana, así que Link se enganchó a ella y después miró hacia arriba. En lo que parecía ser otra habitación había tres dianas en el techo. Link se enganchó a la más lejana para caer en el suelo de la sala y ahí vio que en un rincón había un diamante y al fondo un chorro de agua protegiendo un cofre.
Se quiso acercar al cofre, pero el chorro no lo dejaba, de modo que decidió accionar el diamante y al hacerlo, el chorro bajó, pero se escuchó un golpeteo de que era a contrarreloj. Link se apresuró a abrir el cofre y sacó la Brújula. Después se acordó de Ruto y que, aunque lo creía improbable, podría ser que estuviera en la plataforma a la que no quiso llegar, y como el nivel del agua estaba más o menos al nivel de la plataforma, decidió ir hacia allá.
Cuando llegó no vio a Ruto en la plataforma, pero sí una grieta en la pared de atrás. Usó una Bomba para explotarla, pero dentro de la habitación contigua sólo había un cofre con una Llave Pequeña. No sabía si Ruto se estuviera vengando por los siete años que la dejó "esperando", pero decidió no buscarla más. Total, ya la vería más tarde.
Regresó a la cueva principal y se dirigió al oeste. Ahí había una plataforma igual a la de la torre que era como flotador que estaba debajo de una puerta con cerradura. Link fue hacia ella no sólo por la cerradura, sino porque encima de la puerta estaba un dibujo con un recipiente lleno de líquido azul. Llegó a una sala rectangular con un diamante en un rincón y un chorro de agua al fondo, encima del cual estaba un hueco en el techo. Link supuso que debía accionar el diamante para hacer que el chorro subiera, de modo que se paró en éste y desde ahí usó el Gancho para accionar el diamante.
El chorro efectivamente subió a una sala cuadrada con un Tektite, el cual Link eliminó. En una esquina estaba una puerta que Link abrió. Ésta se cerró tras él con barrotes, pero Link no veía la causa de eso, puesto que estaba en la cueva principal, pero metido en un hueco en el cual estaba el dibujo del recipiente lleno de líquido azul y el símbolo de la Trifuerza. Link tocó la Nana de Zelda y el nivel del agua volvió a subir como Link lo encontró cuando llegó al templo.
Miró el mapa para aprenderse los pisos en los cuales subía el agua. En ese momento estaba en el Piso 2, y como sólo había tres niveles del agua, los demás debían ser el Piso 1 y la Planta Baja; también había un sótano, pero ése debía estar lleno de agua siempre.
Después Link subió a la repisa de la torre del piso 2 y vio que en el lado oeste, por el que había salido del hueco estaba la misma plataforma-flotador de antes, pero debajo de otra puerta con cerradura. Saltó hacia ella y la abrió. Llegó a una habitación que comenzaba como pasillo y en cuyos bordes había unos Keese. Link los eliminó y examinó la habitación.
Al centro había un abismo y por él caían dos suelos diagonales con plataformas, aunque en el lado opuesto al de Link caía una catarata y las plataformas caían junto con el agua. Link se lanzó a una de las dos plataformas que tenía sobre su suelo y vio que la segunda subía y bajaba por un mecanismo. Todas las plataformas tenían dianas en el borde, a excepción de una que estaba aislada en el suelo de la catarata.
Link saltó a la plataforma que subía y bajaba y cuando estaba en lo más bajo se enganchó a una de las de la catarata y de ahí a otra, y a otra, y a otra hasta que llegó al pasillo opuesto. Ahí había otra puerta con cerradura que abrió con la última Llave Pequeña que le quedaba.
Accedió a una habitación con cierto nivel de agua y con varias plataformas que tenían estatuas de cabeza de dragón más pequeñas que la anterior. Casi al centro había un pilar sobre el cual estaba un diamante diferente a los demás, éste tenía un centro rojo. También había unos Tektites sobre el agua que Link eliminó con flechas.
Link accionó el diamante con el Gancho y el centro se volvió celeste, mientras el agua y las estatuas subían hasta cierto punto. Las estatuas mostraban algo así como un cuello muy grande y sobre el cual tenían dianas. Link se sujetó a la estatua más cercana y llegó a la primera plataforma, la cual estaba en el sureste. Enfrente estaba la otra, pero no en el noroeste, sino en el este, y es que la habitación no era completamente cuadrada, sino que se cortaba un pedazo en la esquina noroeste.
Link vio que si se enganchaba a la diana de la estatua de esa plataforma, caería al agua, de modo que, como había otra diana pegada a la pared, decidió volver a accionar el diamante para bajar el agua y engancharse a la diana de la pared. De ahí tuvo que subirse a la estatua porque la plataforma era muy angosta y la estatua abarcaba todo lo ancho de ésta. Después pudo saltar tranquilamente a la otra plataforma y de ahí vio que el camino seguía arriba, pero no veía ninguna diana en el borde o en el techo de arriba. En cambio, la estatua era la única opción viable, porque estaba pegada a la pared y, si accionaba el diamante, ésta subiría y lo haría llegar arriba.
Así lo hizo y efectivamente llegó a un sitio donde había dos Tektites. Los eliminó y vio que después se alzaban unos pinchos y detrás de éstos estaba un Like Like. Como supuso que no le haría daño estando detrás de los pinchos, quiso atacarlo con la espada, pero se sorprendió inmensamente al ver que el Like Like se alzaba por encima de los pinchos y se lo comía. Link forcejeó un rato hasta que el Like Like lo lanzó lejos, pero se había tragado su Escudo Hyliano y su sayo zora.
Vio que encima de donde estaba el Like Like había una diana en el techo, así que se enganchó a ella y bajó al suelo. Ahí le dio varios espadazos al Like Like hasta que se desparramó y consiguió su escudo y su sayo de nuevo. Una vez concluida la acción, vio que detrás había una puerta con dos estatuas de dragón negras, como cuidándola o advirtiendo algo. Sin embargo, Link no les prestó atención y entró.