Mahō gakkō – Escuela de Magos sigue la vida de Mitsuki, un joven que ingresa a una academia de magia solo para descubrir un poder oscuro que desconocía: la magia de sombras. A medida que se adapta a la vida escolar, Mitsuki forma equipo con Reki y Akane para enfrentar misiones que los llevarán a descubrir secretos peligrosos sobre su pasado y sobre la existencia de criaturas sobrenaturales llamadas Yurei.