La primera fase del Desastre Mutante era un estallido irregular en todo el planeta. Simbolizaba la primera vez que la Fuente de la Mutación controlaba su fuerza. El primer síntoma de la segunda fase era que todas las personas infectadas actuaban juntas. En comparación con la primera fase, la Fuente de la Mutación no se limitaría al control de individuos comunes. Ciertos soldados de élite y Supers más débiles también podrían convertirse en objetivos de su control. El cambio más obvio era el hecho de que las personas infectadas ya no actuaban al azar, sino que actuaban como si tuvieran un objetivo.
El comportamiento objetivo de los individuos infectados era el primer signo de que la Fuente de la Mutación estaba ganando inteligencia. En comparación con el caos en la primera fase, el escape de todos los refugiados se debía al control de la Fuente de la Mutación.