Pada 1511, Melaka ditaklukkan oleh Portugal, yang mendirikan sebuah koloni di sana; maka berakhirlah Kesultanan Melaka. Tetapi, Sultan terakhir melarikan diri ke Kampar, Riau, Sumatra dan meninggal di sana. Putera-putera Sultan Melaka terakhir mendirikan dua kesultanan di tempat lain di semenanjung & Kesultanan Perak di utara, dan Kesultanan Johor (mulanya kelanjutan kesultanan Melaka kuno) di selatan. Setelah jatuhnya Melaka, tiga negara berjuang menguasai Selat Malaka: Portugis (di Melaka), Kesultanan Johor, dan Kesultanan Aceh. Konflik ini berlangsung sampai tahun 1641, ketika Belanda (bersekutu dengan Kesultanan Johor) untuk merebut Melaka.