Tahun 5000, planet Bumi dan planet lainnya mrngalami perubahan sangat cepat. 2000 tahun setelah era para naga telah berlalu, satu musuh dan musuh lainnya kembali datang dan berhasil di gagalkan. Kini semesta kembali menghadapi kegelapan yang menghancurkan semua sistem yang telah dibangun, musuh terakhir telah membuat Jaden menghilang tanpa ada yang tahu apa yang terjadi.
Seorang musuh kuat dengan julukan Dark Devil muncul dan merusak sistem perdamaian di seluruh semesta. Mereka membuat pemerintahan yang otoriter dengan teknologi bukan lagi dengan kekuatan para naga. Kini digantikan robot android yang bisa beradaptasi dengan berbagai situasi dan kondisi, tercanggih dan terpintar.