Afortunadamente, Desmond fue rescatado por Lucy, la investigadora que había navegado a Desmond en el Animus en Assassin's Creed 1. Ella era, de hecho, un miembro de la orden asesina.
Para contrarrestar a los caballeros templarios modernos, tuvo que entrar en otro Animus y encontrar su camino hacia adelante aprovechando los recuerdos de otro antepasado llamado Ezio. A través del efecto de sangrado, Desmond mismo se estaba convirtiendo gradualmente en un verdadero asesino.
Mientras tanto, el juego les dijo a los jugadores que los caballeros templarios modernos habían descubierto el escondite de los asesinos y los obligaron a mudarse a otro lugar.
Animus 2.0 fue la versión actualizada desarrollada por un ingeniero asesino llamada Rebecca Crane. Con el plano fragmentario entregado en secreto a ellos por Lucy Stillman, que era una espía asesina en la rama romana de la orden templaria, Rebecca hizo esta nueva versión en el escondite de la Hermandad.